Liderada por Pein, depois revela-se que os criadores da organização foram Uchiha Madara e o próprio Pein, a Akatsuki é formada por Missing-ins com classificação S, shinobis poderosos e perigosos que abandonaram suas vilas natais, ou que foram expulsos. Essa organização tem por meta a coleta de todos os Bijuus, criaturas compostas unicamente de Chakra.